9月22日，環保部通報了對中國環境科學研究院等單位“水專項”有關問題調查處理情況。其中，中國環科院多名負責人被黨政紀處分；北京中銘洲會計師事務所以及東北多所高校被責成追回有關財政資金。
環保部透露，根據該部黨組統一部署，中紀委駐環保部紀檢組、監察局會同有關部門，對中央第三巡視組向環保部反饋意見時提出中國環境科學研究院“重復立項、虛假立項套取資金”、“示范工程貼牌套取資金”兩個方面的問題進行了認真調查。
環保部說，經過調查，中央巡視組提出中國環科院“重復立項、虛假立項套取資金”的問題，涉及內容抄襲、多頭交賬，濫用經費、疏于監管等；中央巡視組提出“十一五”期間“示范工程貼牌套取資金”的問題，主要涉及四個方面：一是責任關系錯位，立項程序失范。二是主體責任缺失，技術把關失真。三是項目選擇隨意，“貼牌”問題嚴重。四是財經紀律意識淡薄，違紀違規問題突出。
近期，環保部依紀依規對相關人員進行了責任追究，對有關問題進行了分類處理，給予水專項技術總師、第一技術責任人、總體專家組組長、中國環科院院長孟偉同志行政警告處分；給予課題負責人、中國環科院副院長宋永會同志行政記過處分；給予子課題負責人、中國環科院清潔生產中心主任喬琦同志行政警告處分；給予子課題負責人、中國環科究院曾萍、彭劍峰同志行政警告處分；對子課題負責人、遼寧省環科院代秀蘭、東北大學蔡九菊同志進行約談；對中國環科院張林波、富國同志進行誡勉談話，暫停其三年內承擔環保科研項目的資格。
同時，對“十一五”期間水專項部分課題實施過程中存在問題負有領導責任的時任水專項辦有關負責同志進行誡勉談話；責成科技司（水專項辦）結合落實巡視意見，研究提出整改措施，修改完善重大水體專項科研項目相關管理制度，認真履行監管責任。
此外，對遼寧省水專項辦負責同志進行約談，暫停當事專家三年內參與水專項評審評估資格；對遼河課題承擔單位“北京碧水源公司”承擔的在研課題進行全面審計，暫停其今后三年內申報環保科研項目的資格；取消未認真履行法定責任、提供虛假審計信息的“北京中銘洲會計師事務所”承擔環保經費財務審計的資格，對工作質量不高甚至提供虛假審計信息等行為的中介機構，要一律清除出庫，不得再次承擔環保部財務驗收審計任務。
據環保部介紹，其已經責成中國環科院收回以“技術服務”名義撥付沈陽大學的42萬元、撥付遼寧石油化工大學高科技開發中心的3.4萬元課題預算外經費；責成東北大學、撫順市環科院、大連理工大學等單位調整會計賬目，追回有關財政資金；將相關課題承擔單位涉嫌違紀違規問題線索移送屬地紀檢監察部門調查處理；責成有關部門就課題承擔單位在課題經費管理使用中存在的問題約談單位負責人，進一步加強水專項資金監管工作。
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