環保部門的尷尬地位有著眾多主客觀方面的歷史和現實原因，為確保其早日走出尷尬與困境，今后重點是要做好如下幾方面的工作：
一是更新簡單地“以GDP論英雄”的陳腐理念。按照2013年12月中組部《關于改進地方黨政領導班子和領導干部政績考核工作的通知》要求，將環境成本、資源消耗和生態效益納入政府政績考核范圍，建立生態綠色的考核評估和人事選拔制度，設立生態建設鑒定評估專業機構。當前，最重要的是要建立科學的生態文明建設指標體系。
二是以環保為指針，優化各項決策，并加大政府及其職能部門違法或不當決策的法律責任。當前，最重要的是健全和強化關于政策、規劃的戰略環境影響評價制度，建立環保專家咨詢制度，加大對行政決策的環保引導和制度約束，從源頭上防止和減少危害環境質量的不當乃至錯誤決策發生。
三是健全和完善環境信息公開制度，擴大信息公開的范圍，規范信息公開的程序，規定違反信息公開的法律責任和救濟機制等。陽光是最好的防腐劑，有關環境的政府行政決策和企業生產經營信息的公開透明，不但有利于對政府和企業形成良好的環保自我約束，而且也是確保公眾切實參與環境保護的前提和基礎。
四是健全和完善公眾參與環境行政決策的制度，建立由信息獲取機制、利益表達機制、利益凝聚機制、決策商談機制和矯正救濟機制等組成的參與機制體系，不斷提升公眾參與的廣度、深度、水平和效力，增強公眾對環境行政決策的認同感和支持度，減少政府和公眾之間的沖突。當前，最重要的是要切實保障環境影響評價制度實施中的公眾參與。
五是掃除體制和機制上的障礙，增強環保部門職權的權威性和工作的高效性，促使環保部門成為生態文明建設的引領者、推動者和實踐者。其一，理順黨政之間的權責關系，確立各級黨委的責任，建立黨政同責、一崗雙責、齊抓共管的黨政體制。其二，需以綜合生態系統管理原理為依據，建立統管氣、水、土、海等污染防治活動的大環保部，組建統管山、水、田、林、草等生態保護活動的生態部。其三，開展省以下垂直管理的體制改革試點，減少地方政府對環保部門的不當干預和負面影響。其四，在權力配置上予以大膽變革，賦予環保部門“按日計罰”、查封、扣押、責令停產等權力，強化環保部門的行政執法權。其五，設立高級別的環保協調機構，建立環保部門和其他部門的聯合執法機制，加強部門之間的協作和銜接。其六，加強非環保部門職權運行機制的生態化，尤其是強化自然災害防治和緊急事故（如安全生產事故、交通事故）應急處理的生態化，杜絕在處理其他事件的過程中由于措施不當而釀發不必要的環境事件。
六是完善環境行政復議和行政訴訟制度，特別是切實建立環境公益訴訟制度，加強權利對權力、司法對行政的監督和制約。修訂中的《環境保護法》應規定：“對污染和破壞環境等損害公共環境權益的行為，有直接環境利害關系的公民、依法登記的環保組織以及有管轄權的環保行政機關可以向人民法院提起訴訟。其他主體在合理期限內沒有起訴或者確實存在其他必要情形的，檢察機關也可直接提起訴訟。”(作者供職于北京林業大學生態法研究中心)
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